Comentario
Si la burocracia fue uno de los pilares del Imperio español, el otro fue la Iglesia, cuya estrecha colaboración y alianza con el Estado se configura como una simbiosis que conduce al mutuo reforzamiento, aunque siempre bajo control estatal. La evangelización llevada a cabo por diversas órdenes religiosas fue el aliado indispensable de la conquista y la colonización: proporcionaba el marco ideológico necesario para justificar el papel dominante de los españoles y a la vez permitía ordenar la sociedad de acuerdo con los patrones europeos. En definitiva, evangelización e hispanización fueron sinónimos, de la misma manera que la política eclesiástica fue un aspecto más de la política colonial y, como tal, fue coordinada por el Consejo de Indias.
Las relaciones Iglesia-Estado en la América española conocieron diversas modalidades, denominadas Patronato, Vicariato y Regalismo, pero en la práctica nada esencial cambió en esas relaciones a lo largo de la Edad Moderna. En el siglo XVI rige el patronato, basado en las concesiones hechas por la Iglesia a la Corona española en su calidad de patrona, protectora de la fe y fundadora de iglesias en las tierras recién incorporadas. Desde fines del XVI juristas españoles elaboran la teoría del vicariato, según la cual los reyes, en virtud de la propia donación papal, eran una especie de pontífices -vicarios de Cristo- en las Indias y tenían también competencia en materia de disciplina eclesiástica. En el siglo XVIII el regalismo asume ambas posiciones y las convierte en algo civil y no eclesiástico al considerar que los derechos inherentes al patronato y vicariato no se basan en la concesión papal sino que son prerrogativas inalienables de la monarquía, regalías o atributos del poder real absoluto, interpretación que en el fondo buscaba obtener la aplicación en España del patronato indiano.
La institución del patronato incluía una serie de privilegios entre los que el más importante era el derecho de presentación, que facultaba al rey-patrono para presentar candidatos a obispos y otras jerarquías eclesiásticas. En 1486 el papa había concedido a la corona de Castilla el patronato en Granada, a punto de ser conquistada, y aunque en las bulas alejandrinas de 1493 no se mencionaba este tema, los reyes aplicaron el modelo granadino y asumieron que al encomendarles la evangelización (fundación de iglesias) en las Indias se convertían implícitamente en patronos de ellas. En la bula Universalis Ecclesiae de 1508 el papa Julio II confirmó esta interpretación y concedió a la Corona de Castilla, a perpetuidad, la organización de la Iglesia en Indias, incluyendo el derecho de presentación. Otras bulas garantizaron el control sobre los diezmos eclesiásticos (décima parte de la producción agrícola y ganadera, que los fieles debían pagar para sostener el culto), mientras la Corona a su vez debía abonar los salarios del clero, construir y dotar catedrales, iglesias y hospitales.
Los reyes adquieren autoridad directa sobre la Iglesia indiana, una autoridad que irá aumentando hasta hacerse absoluta, en un grado desconocido en Europa (excepto en Granada). En 1538 se introduce el pase regio o exequatur, según el cual todos los documentos entre el papa y las Indias deben pasar por el Consejo de Indias para recibir la correspondiente autorización. Igualmente el Consejo supervisaba el traslado de religiosos a Indias, a través de las licencias de embarque. Y, desde luego, nunca se permitió la existencia de un nuncio papal en las Indias.